Zdumionemu żebrakowi oddał swój kosztowny strój rycerski. Przed cudownym wizerunkiem Maryi złożył swoją broń. Stąd udał się do Manrezy, gdzie zamieszkał w celi, użyczonej mu przez dominikanów. I tu jednak wydawało mu się, że ma za wiele wygód. Dlatego zamieszkał w jednej z licznych tam grot. Aby zdławić w sobie starego, próżnego, ambitnego człowieka, nie golił się ani nie strzygł, codziennie pościł i się biczował. Codziennie bywał też u dominikanów na Mszy świętej. Oddawał się modlitwie i rozważaniu Męki Pańskiej. Szatan dręczył go gwałtownymi pokusami aż do myśli o samobójstwie. W takich zmaganiach powstał szkic jego najważniejszego dzieła, jakim są Ćwiczenia duchowne. (Formę ostateczną otrzymały one dopiero w 1540 roku.) Odbył pielgrzymkę o żebraczym chlebie do Ziemi Świętej, a po powrocie udał się do Barcelony, gdzie przez dwa lata uczył się języka łacińskiego; następnie w Alkala studiował filozofię. Jego żebraczy strój i niezwykły tryb życia wzbudziły podejrzenie o przynależność do sekty, w związku z czym był dwukrotnie więziony przez Świętą Inkwizycję.
Po uwolnieniu z więzienia podjął studia w Paryżu, odwiedził też Belgię i Anglię (żebrząc tam na utrzymanie).
Na uniwersytecie paryskim Ignacy zapoznał się i zaprzyjaźnił z bł. Piotrem Favrem i ze św. Franciszkiem Ksawerym. Do ich trójki dołączyło niebawem pięciu kolejnych mężczyzn i wszyscy, zebrani rankiem 15 sierpnia 1534 roku w kapliczce na zboczu wzgórza Montmartre, w czasie Mszy świętej odprawionej przez Piotra Favre'a (który przed miesiącem otrzymał święcenia kapłańskie) złożyli śluby ubóstwa, czystości oraz wierności Kościołowi, a zwłaszcza Ojcu Świętemu. W ten sposób powstał nowy zakon, zwany Towarzystwem Jezusowym.
Niebawem udali się do Rzymu, aby przedstawić się papieżowi i oddać się do jego dyspozycji. Paweł III przyjął ich uprzejmie. Korzystając z zachęty papieża, wszyscy przyjęli święcenia kapłańskie (1536), oddali się posłudze chorych w szpitalach i nauczaniu prawd wiary wśród dzieci. Papież polecił, by Ignacy nakreślił szkic konstytucji nowego zakonu. Ignacy uczynił to pod nazwą Formuła Instytutu. Papież po przejrzeniu jej zażądał, by napisać całe konstytucje, które Rzym zatwierdził w 1540 roku. Liczba członków Towarzystwa bardzo szybko rosła. W roku 1541 zebrała się pierwsza kapituła generalna, podczas której przełożonym generalnym jednogłośnie został wybrany Ignacy. W tym samym roku papież oddał jezuitom do dyspozycji kościół w Rzymie pw. Matki Bożej della Strada.
Przez ostatnich 16 lat życia Ignacy był przykuty do swojego biurka i rzadko opuszczał progi domu generalnego swego zakonu, by być zawsze do dyspozycji duchowych synów. Samych jego listów zachowało się ok. siedmiu tysięcy. Nękany różnymi chorobami i dolegliwościami zmarł na rękach współbraci 31 lipca 1556 roku.
Beatyfikacji Ignacego Loyoli dokonał papież Paweł V (1609), a kanonizacji – Grzegorz XV (1623). Jego relikwie spoczywają w rzymskim kościele Del Gesú.
Św. Ignacy Loyola należy do patronów Zgromadzenia od początku jego istnienia. Jest wymieniony wśród patronów już w pierwszych Konstytucjach z 1923 roku. Jego wspomnienie obchodzi się 31 lipca.
