Odpowiadając na rodzące się powołanie do kapłaństwa, od 1942 roku pobierał naukę w tajnych kursach formacyjnych przy seminarium krakowskim, prowadzonym przez arcybiskupa Krakowa, kard. Adama Stefana Sapiehę. Równocześnie był jednym z organizatorów tajnego „Teatru Rapsodycznego”. Po wojnie kontynuował formację duchową i intelektualną w seminarium krakowskim i na ponownie otwartym wydziale teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Otrzymał święcenia kapłańskie w Krakowie 1 listopada 1946 roku, a następnie został wysłany do Rzymu, gdzie w roku 1948 dokończył studia doktoranckie z teologii, pisząc pracę na temat wiary w dziełach świętego Jana od Krzyża. W tym okresie, w czasie wakacji, posługiwał duszpastersko wśród emigrantów polskich we Francji, Belgii i Holandii.
W roku 1948 powrócił do Polski i został skierowany do pracy duszpasterskiej, najpierw jako wikariusz w parafii Niegowić, a potem jako współpracownik przy parafii świętego Floriana w Krakowie. Był duszpasterzem akademickim do 1951 roku, kiedy to podjął ponownie studia filozoficzne i teologiczne. W roku 1953 opublikował na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim pracę poświęconą systemowi etycznemu Maxa Schellera. Następnie wykładał teologię moralną i etykę jako profesor seminarium krakowskiego i wydziału teologicznego KUL.
Sakrę biskupią otrzymał dnia 28 września 1958 roku w katedrze na Wawelu, z rąk abpa Eugeniusza Baziaka, 13 stycznia 1964 roku papież Paweł VI mianował go arcybiskupem Krakowa, wynosząc go, 26 czerwca 1967 roku, do godności kardynalskiej. Jako uczestnik prac Soboru Watykańskiego II (1962-1965) uczestniczył aktywnie w przygotowaniu konstytucji soborowej Gaudium et spes. W okresie poprzedzającym wybór na Stolicę Piotrową, kardynał Wojtyła uczestniczył w pięciu zgromadzeniach plenarnych Synodu Biskupów.
Został wybrany papieżem 16 października 1978 roku, a dnia 22 października odbyła się uroczysta inauguracja jego pontyfikatu. Jan Paweł II odbył 146 wizyt duszpasterskich we Włoszech, a jako biskup Rzymu odwiedził 317 z 332 parafii rzymskich. Odbył 104 podróże apostolskie, które są przejawem jego pasterskiej troski o Kościół powszechny. Spośród licznych dokumentów opublikowanych za jego pontyfikatu należy podkreślić 14 encyklik, 15 adhortacji apostolskich, 11 konstytucji apostolskich i 45 listów apostolskich. Jako papież napisał 5 książek: „Przekroczyć próg nadziei” (październik 1994), „Dar i Tajemnica” (listopad 1996), „Tryptyk rzymski” (marzec 2003), „Wstańcie! Chodźmy!” (maj 2004) i „Pamięć i tożsamość” (luty 2005). Jan Paweł II ogłosił 1338 błogosławionych i 482 nowych świętych.
W dniu 13 maja 1981 roku dokonano na placu świętego Piotra nieudanego zamachu na jego życie. Uratowany macierzyńską opieką Matki Bożej, po opuszczeniu szpitala, przebaczył zamachowcowi i, świadom ponownie otrzymanego daru życia, ze zwiększoną energią powrócił do zajęć duszpasterskich, poświęcając się im w sposób heroiczny. Jego troska duszpasterska znalazła swój szczególny przejaw między innymi w utworzeniu licznych diecezji, w promulgowaniu Kodeksów prawa kanonicznego dla Kościoła łacińskiego i dla Kościołów wschodnich oraz w promulgowaniu Katechizmu Kościoła Katolickiego. Momentami szczególnie ważnymi dla pogłębienia wiary Ludu Bożego było ogłoszenie Roku Odkupienia, Roku Maryjnego i Roku Eucharystii, jak również ogłoszenie Wielkiego Jubileuszu roku 2000. Wyrazem jego żywej troski apostolskiej była propozycja zwoływania Światowych Dni Młodzieży. W audiencjach generalnych, (których odbyło się 1160) uczestniczyło łącznie 17.600.000 pielgrzymów, nie licząc tych, którzy wzięli udział w audiencjach specjalnych i w zgromadzeniach liturgicznych oraz w spotkaniach w ramach pielgrzymek apostolskich.
Zmarł w swoim apartamencie watykańskim, w sobotę 2 kwietnia 2005 roku, o godz. 21.37, w wigilię Niedzieli Bożego Miłosierdzia (święta, które ustanowił). Uroczystości pogrzebowe odbyły się na placu św. Piotra 8 kwietnia.
Został w Rzymie beatyfikowany przez papieża Benedykt XVI dnia 1 maja 2011 roku i kanonizowany 27 kwietnia 2014 przez papieża Franciszka.
Związki papieża Jana Pawła z naszym Zgromadzeniem
W okresie posługi kard. Wojtyły w archidiecezji krakowskiej przeprowadzone zostały dwa procesy diecezjalne w celu zbadania dwóch przypadków cudownego uzdrowienia za przyczyną matki Ledóchowskiej. 27 września 1971 w Kurii Metropolitalnej w Krakowie nastąpiło otwarcie procesu rozpoznawczego w sprawie domniemanego cudownego uzdrowienia Jana Kołodziejskiego w dniu 26 maja 1946 za wstawiennictwem matki Ledóchowskiej. Zamknięcie procesu miało miejsce 17 lutego 1972 w obecności kardynała Karola Wojtyły, który następnie przekazał osobiście akta procesu Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie; 16 kwietnia 1973 w Kurii Metropolitalnej w Krakowie nastąpiło otwarcie przez kardynała Karola Wojtyłę drugiego procesu rozpoznawczego w sprawie nagłego uzdrowienia s. Danuty Pawlak w dniu 16 lutego 1946. Zakończeniu procesu w dniu 26 lutego 1974 przewodniczył kardynał Wojtyła, który również te akta przekazał osobiście Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie.
Kardynał Wojtyła jako papież Jan Paweł II 20 czerwca 1983 roku i 18 maja 2003 mógł zrealizować prośbę, którą sam przed laty skierował do Ojca Świętego w liście postulacyjnym (28 lutego 1968): Sługa Boża, Urszula Ledóchowska, kierując swoją rodzinę zakonną do służby Kościołowi i włączając ją w środowisko biednych i potrzebujących, otworzyła przed nią, przed czterdziestu już laty, drogi potwierdzone przez Sobór Watykański II. Świadomy dobroczynnego wpływu, jaki może wywrzeć beatyfikacja Sługi Bożej matki Urszuli Ledóchowskiej – z jej duchem odnowy, ale i wierności nauczaniu Kościoła – wyrażam, w pełnym przylgnięciu do woli Waszej Świątobliwości, moje pragnienie, aby móc ją szybko czcić publicznie.
Przyjaźń kardynała i papieża Karola Wojtyły z naszym Zgromadzeniem, czego dowody dawał w przysyłanych listach, trwała długie lata; obejmowała wiele sióstr i miejsc związanych ze Zgromadzeniem. Z przekazu sióstr wiemy także, że Janowi Pawłowi II osobiście bardzo zależało na wyniesieniu do chwały ołtarzy naszej Matki Założycielki, o czym mówił przy wielu okazjach.
Święty Jan Paweł II dołączył do patronów Zgromadzenia w 2013 roku. Jego wspomnienie obchodzone jest 22 października.
