W dniu 2 października 1978 roku odprawił w klasztornej kaplicy Mszę św., następnego dnia udał się do Rzymu na konklawe i – został wybrany papieżem 16 października 1978 roku. Szary Dom odwiedził jeszcze raz podczas VII pielgrzymki do ojczyzny w czerwcu 1999 roku, gdy poświęcił gmach Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego przy ul. Dobrej.
Pobyty Ojca Świętego Jana Pawła II w domu na Wiślanej upamiętniają tablice w kaplicy oraz na fasadzie domu na rogu ulicy Wiślanej i ul. Dobrej. W pokoju, w którym mieszkał Karol Wojtyła, znajduje się małe muzeum z cennymi pamiątkami Papieża.
Sam Jan Paweł II wspominał okoliczności wyjazdu na konklawe z przymrużeniem oka - podczas nabożeństwa majowego w Ogrodach Watykańskich w przeddzień przewiezienia relikwii bł. Urszuli z Rzymu do Pniew, 11 maja 1989 roku:
Niegdyś papież Pius XI liczył na Twoją działalność apostolską w Rzymie. Obecny Papież, którego nigdy nie znałaś osobiście i Ciebie on też nigdy osobiście nie poznał, po prostu jest za młody, ten Papież, który mówi tym samym językiem, jakim Ty mówiłaś, ten Papież liczy na Twoje wsparcie, nie tylko w czasie podróży do Skandynawii, ale także na co dzień. Tym bardziej, że w swoim przeszłym życiu miał wiele do czynienia z urszulankami, powiedziałbym szczególnie z urszulankami szarymi. I właściwie to urszulanki szare wypuściły go z Polski, z domu na Wiślanej, i wypuściły tak, że już nie wrócił. Nie wiadomo, czy to jest zasługa, w każdym razie to jest dla nich na pewno - i dla Ciebie, jako ich Matki i Fundatorki - to jest na pewno wielkie zobowiązanie. Skoro już nie wrócił, skoro został tu, to nie ma innej rady, droga Matko, błogosławiona Urszulo, i Wy wszystkie, które odziedziczyłyście imię urszulanek, wszystkie musicie wspierać tego papieża, któregoście tak nieopatrznie wypuściły z domu na Wiślanej. (...)
