W ramach procesu, w obecności Trybunału Prawnego Kurii Rzymskiej, ówczesnej matki generalnej Zgromadzenia, matki Franciszki Popiel, oraz kilku przedstawicielek Zgromadzenia dokonuje się ekshumacji ciała matki Urszuli w celu stwierdzenia tożsamości – w dniu 22 kwietnia 1959. Okazuje się przy tym, że ciało jest w całości zachowane. W dniu 2 grudnia 1959 roku przeniesiono ciało do specjalnie przygotowanego grobowca w kaplicy domu generalnego Zgromadzenia przy via Casaletto.
Po beatyfikacji matki Urszuli w 1983 roku Ojciec Święty Jan Paweł II – za pośrednictwem swojego sekretarza ks. Stanisława Dziwisza i ks. Józefa Kowalczyka, kierownika sekcji polskiej z watykańskim Sekretariacie Stanu, podsuwa siostrom urszulankom pomysł, by Jej ciało relikwie przenieść z Rzymu do Pniew, do domu macierzystego Zgromadzenia.
Przygotowania rozpoczynają się w maju 1987 roku – od podjęcia decyzji przez radę generalną Zgromadzenia i ustalenie trasy przejazdu. W kolejnych miesiącach załatwiane są sprawy formalno-urzędowe przewiezienia relikwii matki Urszuli. Od 13 października 1988 trwają w Rzymie bezpośrednie przygotowania do ekshumacji ciała i dalsze starania w Kongregacji do Spraw Świętych. Mają miejsce wizyty w odpowiednich urzędach, szczególnie w wikariacie rzymskim, z ekipą medyczną i innymi osobami – w związku z przygotowaniem organizacyjnym i technicznym ekshumacji ciała matki Urszuli Ledóchowskiej w celu recognitio, to jest stwierdzenia jego autentyczności. W dniu 25 października 1988 następuje otwarcie grobowca w kaplicy domu generalnego i wyjęcie trumny z ciałem Matki Założycielki. W obecności urzędników kościelnych i ekip specjalistycznych oraz przedstawicielek Zgromadzenia stwierdza się ponownie, że ciało matki Urszuli – teraz już 50 lat po jej śmierci i 30 lat po złożeniu w grobowcu w kaplicy domu generalnego – zachowane jest od zniszczenia. W kolejnych miesiącach ciało jest badane, a 27 stycznia 1989 następuje repositio, czyli ponowne złożenie do grobowca w kaplicy domu generalnego. Dwa dni wcześniej Matka Założycielka otrzymuje nowe ubranie i habit zakonny, krzyż i obrączkę. Krzyż, obrączka i różaniec z ekshumacji zostają zatrzymane jako relikwie (obecnie znajdują się w pokoju pamiątek w Pniewach).
W dniu 27 stycznia do godz. 15.00 trwa modlitewne czuwanie przy ciele matki Urszuli, w którym biorą udział przedstawicielki domów włoskich, francuskich i polskich. Przychodzi też dużo ludzi świeckich, aby modlić się razem z siostrami. Po południu przybywają członkowie Trybunału kościelnego, aby dokonać odpowiednich formalności przed złożeniem ciała do grobowca. Po złożeniu relikwiarza do grobowca w krypcie zostaje odprawiona Msza św. koncelebrowana pod przewodnictwem ks. prałata Stanisława Dziwisza. Homilię wygłasza ks. prałat Józef Kowalczyk.
Relikwie spoczywają w grobowcu w kaplicy domu generalnego do 8 maja 1989. Tuż przed rozpoczęciem przewiezienia ciało zostaje włożone do nowego, specjalnie przygotowanego relikwiarza.
W dniu 11 maja 1989 ma miejsce uroczyste pożegnanie relikwii matki Urszuli w Ogrodach Watykańskich. W dniu 12 maja, prawie dokładnie 50 lat po swojej śmierci, bł. matka Urszula udaje się w drogę powrotną z Rzymu do Pniew. Trasa wiedzie przez północne Włochy, Austrię i Czechosłowację do Polski. W dniu 28 maja 1989 relikwie docierają do Pniew, a 30 maja zostają złożone do sarkofagu w kaplicy domu macierzystego.
