Taką okazją była siódma pielgrzymka Jana Pawła do Polski (5-17 czerwca 1999), podczas której jednym punktem programu było poświęcenie nowo wybudowanej Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego przy ul. Dobrej, vis-à-vis Szarego Domu. „Nie można było nie myśleć o tym, że przecież odwiedzi ten dom, z którego wyjechał na konklawe…” Miało to miejsce właśnie w piątek, 11 czerwca 1999 roku, w dniu, w którym Kościół obchodzi Uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa, a Zgromadzenia Sióstr Urszulanek Serca Jezusa Konającego swoje święto tytularne…

W relacji wydarzeniach tego dnia czytamy:

Nadzieja i radość. Refleksje z odwiedzin Ojca Świętego Jana Pawła II w Szarym Domu na Wiślanej

11 czerwca 1999 roku, w Uroczystość Najświętszego Serca Jezusowego, w dniu tytularnego święta naszego Zgromadzenia, Opatrzność Boża sprawiła, że odwiedził dom na Wiślanej Ojciec Święty Jan Paweł II. Odprawił razem z nami w kaplicy nabożeństwo czerwcowe, śpiewając litanię do Serca Jezusowego. Przemówił serdecznie i pobłogosławił – nam, domownikom i naszym studentkom.

Bożym zbiegiem okoliczności okazało się, że tego właśnie dnia Ojciec Święty podpisał w Warszawie Orędzie z okazji stulecie poświęcenia całego świata Najświętszemu Sercu Pana Jezusa przez papieża Leona XIII. Leon XIII uczynił to przed stu laty, właśnie 11 czerwca 1899 roku, w uroczystość Serca Jezusowego. (…)

„Nadzieja i radość” – tak chyba należałoby określić uczucia związane z wydarzeniami 11 czerwca 1999 roku, gdy Szary Dom na Wiślanej przeżywał spotkanie stulecia z największym człowiekiem naszych czasów: Janem Pawłem II.

Nadzieja trwała w naszych sercach przez całe 20 lat Jego pontyfikatu, gdyż nie można było nie myśleć o tym, że przecież odwiedzi ten dom, z którego wyjechał na konklawe, na którym wybrano Go papieżem. W tym roku nadzieja nasza nabrała rumieńców. Dotarła do nas wiadomość: Ojciec Święty poświęci nową Bibliotekę Uniwersytetu Warszawskiego na Powiślu. „Dwa kroki” od Szarego Domu. I jak tu nie mieć nadziei? Nikt zresztą jej w nas nie rozbudzał, ale… Ojciec Święty dziękował w miły sposób za ponawiane kolejne zaproszenia… I choć nigdy nie napisał: „do zobaczenia”, to jednak nadzieja rosła.

Na długo przed papieską pielgrzymką odpowiednie służby spisały mieszkańców naszego domu i ustaliły, kto ma prawo w nim przebywać w dniu poświęcenia biblioteki. Dotyczyło to zresztą wszystkich okolicznych domów, ale nasz był jakby najbliżej… Zaczął więc stroić się ten Szary Dom. Odmłodniał, wypucowany, czysty, odremontowany, udekorowany. (…) Przygotowali się także ludzie – nasi domownicy, studentki i siostry. (…)

Ranek 11 czerwca. Matka generalna spędza go w nuncjaturze, gdzie ponawia zaproszenie Ojca Świętego do Jego dawnego warszawskiego domu. Miła reakcja Papieża wzmocniła nadzieję, że do nas przyjdzie. Matka była już tego prawie pewna od rana, ale my dowiedziałyśmy się o tym dopiero w południe. I wtedy była już pełna radość! O godzinie 15.00 zwieziono i ustawiono barierki ochronne od strony ulicy Gęstej. Kto obserwował, co się dookoła domu dzieje, to już się domyślał, że czekamy na Ojca Świętego. (…)

Wreszcie przyjechał! Papamobile zatrzymał się przed naszym wejściem! Wszystkie czekałyśmy w kaplicy. Przed domem czuwały – m. Jolanta, m. Andrzeja, s. przełożona domu. Na schodach, w korytarzyku przed kaplicą zgromadziły się najmłodsze siostry i nasze studentki z kolorowymi bukiecikami w rękach, wręczanymi później gościom towarzyszącym Papieżowi. Dużo radości, śpiew… Schody, jak drabina Jakubowa, pełne były radosnego gwaru, powitalnego śpiewu i szczęśliwych serc.

Jan Paweł II przekroczył próg Szarego Domu! Spełniły się nadzieje. Był pogodny, serdeczny, uśmiechnięty, chyba też wzruszony. Powiedział nam później, że nie mógł do tego domu nie przybyć. Żartował z nami, czuł się „u siebie”.

Ale najpierw była wspólna modlitwa. Śpiewaliśmy Litanię do Najświętszego Serca Pana Jezusa i odmówiliśmy Akt oddania rodzaju ludzkiego Najświętszemu Sercu Jezusa. Ojciec Święty klęczał w głębokim skupieniu przed ołtarzem. (…)

Był z nami. Ta jego obecność dała nam tak wiele. Radość z tego spotkania trwa w nas jeszcze dotąd. Dodaje nam sił. Wspomnienie Białej Postaci przed ołtarzem, zdjęcia, film… I dom – duchowo odmłodzony. I takie piękne lato – jakby pieczęć tamtej chwili i jej przedłużenie, gdyż nawet wspaniała pogoda towarzyszyła tej wizycie. (…)

Wieczór 11 czerwca nie zakończył się po prostu: Papież wyjechał i wszyscy wrócili „do siebie”. Otóż wcale nie wrócili. Ani w sensie duchowym – bo jednak poszliśmy z Nim krok do przodu w naszym doczesnym pielgrzymowaniu, ani też w sensie fizycznym, gdyż Szary Dom wraz z gośćmi i sąsiadami z Powiśla „szalał” przez wiele godzin, do późnej nocy, na ulicy Gęstej w radości, śpiewie, tańcu i opowiadaniu sobie przeżytych wrażeń.

„Trwaj chwilo, bo jesteś taka piękna…” – chciałoby się powiedzieć za poetą. Ona rzeczywiście trwa, pełna radości…

s. Teresa Wójcik USJK, Szary Posłaniec 1999, nr 78

Podczas wspólnej modlitwy w kaplicy Szarego Domu Jan Paweł II powiedział:

Chciałem podziękować całym sercem siostrom urszulanko za wieloraką gościnę, jaką znajdowałem w tym domu. Po dwudziestu latach się nie zapomina. Przyjeżdżałem, wyjeżdżałem, przyjeżdżałem… wreszcie wyjechałem i nie przyjechałem. Dopiero dzisiaj. Ten wasz dom łączy się jeszcze ze wspomnieniami różnych osób, które tu mieszkały: śp. ks. prałata Ziei, pana profesora Świeżawskiego i jego małżonki… W każdym razie wiele osób tu spotkałem. Bóg wam zapłać za wszystko i trzymajcie mnie krótko! Dwie takie przystanie urszulańskie – Wiślana i Jaszczurówka…